本作的内政系统被大幅度简化,在前几作中光荣给农业、商业等工作都设计了专门的特技,武将拥有专门的特技会起到事半功倍的效果,而到了《三国志9》,内政执行效果完全取决于武将基本能力,统率决定征兵和修筑效果、武力决定训练效果、智力决定计谋效果、政治决定农业和商业效果。同时本作取消了魅力数值,取而代之的是君主的信望,类似《三国志5》的名声系统,需要玩家在游戏过程中长期积累。
游戏的战争系统有了颠覆性变化,当玩家指定军事目标后,就会看到在大地图上武将带着部队浩浩荡荡地向目标开拔,与敌军相遇后在地图上直接自动战斗,就像RTS即时策略游戏一样,两军交战同样回合结束才能下达新的指令,这种玩法最早在《三国志6》中出现,当时是在特定战场小地图上,本作进化为全局大地图上展现。

每支部队除了带队武将的能力数值外,一个重要的系统就是阵型,这个在《三国志5》中备受好评的设计再次回归,游戏中每种阵形的攻击、防守、机动力都不一样,例如锥行阵性能平均属于万金油、锋矢阵适合骑兵且容易触发单挑、长蛇阵有着最强的机动能力、方圆阵移动最慢但防御力最强。你需要根据战争目标和战场情况灵活选择阵型,尤其要注意的是阵型一旦选定在野外无法更改,加上每十天才能下一次指令的设计,给玩家制定策略提出了新的挑战。

除了阵型外,游戏还设计了多种兵法,例如奋迅、突击、飞射、连弩、混乱、鼓舞等,分成了步兵、骑兵、弓骑、弩兵、智略、谋略、策略等类型,兵法会在战斗中以随机形式触发,并切换到特定画面。比较特别的是出战时并不能直接设定兵种,而是以指定兵法的形式实现,同时还要配合阵型,例如鱼鳞阵容易触发步兵类兵法、锋矢阵容易触发骑兵类兵法、雁行阵容易触发弩兵类兵法,另外还有一些技能如象兵、冲车、井阑等。

本作在兵法系统基础上,还加入了非常有特色的兵法连锁,队伍中如果有多名武将掌握同样的兵法,并且武将性格接近关系良好的话,就有可能一起发动兵法。历史上一些关系亲密的武将,在游戏中实现兵法连锁的几率非常高,例如刘关张三兄弟、关张赵马黄五虎将、孟获祝融夫妇、亲子组合、兄弟组合等,但是那些反目成仇的兄弟并不包括在内,例如袁谭袁尚、曹丕曹植、孙和孙霸等,这种设计充分体现了制作者的用心。

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