另外,本作中还存在着“战阵系统”这样一个特色战斗系统。战阵转变指玩家于战斗中可以转变作战的核心控场角色。不同的战阵对于玩家战斗中的加成也有所不同,战阵分别为:云行、千岳、溟心、炽神。阵型的变更不仅仅会影响成员的各项属性,还能够提供不同属性的防御力提升,需要玩家在不同的场合有针对性的加以利用。
玩家在非战斗的状态下,还可以对战阵设置进行组合调整,每种战阵对每个人物所增添的效果各有不同,而每个人物在同一个战阵内也有不同的战斗模式可以调整,如:防御、主攻等,玩家可根据自身需求进行设置。
本作中依然有轩辕剑战斗中的特色:收妖。不仅可以在战斗中将妖物收取后炼化成为实用材料,还可以炼制成为更加强大的妖怪,在战斗中作为护驾使用。但是,收妖时需要停止战斗动作才可以进行,对于玩家在战斗中的速度与体验也有着一定影响。而在本作中,这种需要暂停战斗动作才能进行的收妖操作得到了改变。玩家可在战斗中召唤出阿奇前来收妖,而阿奇的收妖动作与玩家的战斗操作相互独立且互不干涉,并不影响战斗的进行。
同时,在以往《轩辕剑》游戏中,玩家在战斗中成功使用收妖系统收服的敌人,皆可以在战斗前设置为护驾,并出现在下一场战斗中。但是部分头目级别的强力敌人,要么非常难以收服,要么则是无法被收服使用。而在本次游戏中,因战斗方式的变化,护驾系统也相应做了改变与提升。玩家只要成功达成特殊任务的挑战,便可让这些头目级的怪物化身为个人护驾。游戏设置中,玩家可按照个人喜好分配设置6位护驾栏的归属,而在战场上则最多可同时存在2位护驾。每当有护驾被击退时,剩余的护驾便会依照先前设置的顺序递补上场。不仅如此,本次游戏中,护驾能够使用各种技能攻击敌人、为队伍提供各种辅助及恢复等,让玩家更轻松的进行战斗。