Aiur星大撤退
尽管Tassadar的勇敢牺牲摧毁了主宰,但不计其数的狂怒虫子依然留在Aiur上并到处捕猎幸存的Portoss。Zeratul表示愿意为同胞提供行星Shakuras——黑暗圣堂们生活的家园上的避难所。虽然左右为难，执行长Artanis以及分崩离析的议会幸存者最后还是一致同意，当务之急是尽可能多的拯救虫爪余生的同胞。
Jim Raynor和Portoss的部队在虫子们的围追堵截中杀出了一条通向上古Xel'naga跃迁星门的血路。Zeratul将这个跃迁门和位于Shakuras星上的第二个跃迁星门联结起来。在这场战斗中，Raynor和少数Portoss被Zerg围困，但是Artanis和Zeratul成功的带领其他Portoss穿越星门，安全抵达Shakuras。
然而让他们惊恐的是，Zerg大军居然也跟随他们穿越了星门。于是这些Portoss逃亡者加入了他们信仰黑暗的兄弟的团队中，共同抵御入侵。与此同时，Raynor的部队以及少数Portoss志愿者选择了留在Aiur上切断传送星门，以确保没有更多虫族援军赶往Shakuras，这丝毫没有逃离的可能，他们勇敢的走向了毁灭的道路。
不可靠的盟友
那么，Kerrigan，我们来听听你想说什么。不过丑话说前头：我们不会容忍你哪怕一丝不忠和背叛。
——Raszagal
悲伤的黑暗圣堂武士带领着来访者会见了Raszagal, 治理Shakuras的德高望重的女族长。Portoss的当务之急是清理腐蚀着Shakuras的大批虫子。Raszagal表示Shakuras上的Xel'naga神庙的力量可以净化这个行星，但是要启动它得要取得两颗失落的水晶——Khalis和Uraj。
这时Kerrigan意外的来访，并告诉焦虑的Portoss随着主宰的覆灭，她已经从嗜杀的人格中摆脱出来了。但是幸存的脑虫们正在合体，来形成一个新的主宰，并且很快就要完全控制虫巢，并把Kerrigan变回Zerg的傀儡。
Kerrigan表示愿意帮忙取回Khalis和Uraj, 而Raszagal不顾Artanis和Zeratul的强烈反对接受了这个建议。Portoss的英雄们和Kerrigan前往藏匿Uraj的Braxis星，在途中初次遭遇了一支陌生的Terran军队，他们自称属于地球联邦理事会（United Earth Directorate，UED）。虽然被要求投降，Portoss军还是成功的逃离了。
第二个目的地是Char，在那里Portoss找到了Khalis, 危险的是它居然在那个成长中的主宰的附近。顾不上陷入在年幼主宰的领地中受到虫子围堵的危险，Kerrigan和Portoss夺取了Khalis并返回Shakuras。
Shakuras上的惨案
有点不对头。女族长以往总是那么睿智而高贵，虽然这样的决定她应该也自有考虑，但是风格太不像她了。
——Zeratul
或许如你说的那样，但是目前我们手头有个“朋友”要“绝交”。愿吾神原谅我们
——Artanis
当他们回到Shakuras，眼前竟是部分Aiur避难者与他们的黑暗圣堂盟友兵戎相见的景象。由于危机缠身，Raszagal没耐心再坐下来协商，她命令黑暗圣堂们剿灭这些反抗者。Zeratul感到这个命令有违他的原则,但是依然决定服从女族长。随着叛军的抵抗渐微，黑暗圣堂武士要求叛军领袖投降但是却遭到了拒绝，该领袖声称其他Portoss是在自取灭亡，而Raszagal则隐藏了一个肮脏的秘密。
在叛军首领解释他的指控前，Kerrigan和她麾下的虫子奴仆结束了他的生命。Zeratul愤怒的命令Kerrigan离开Shakuras，她照做了，留下话说他们之前的联盟已经达到了她的预期目标。原来新的脑虫们都拒绝服从Kerrigan的领导，而在黑暗圣堂的“协助”下，脑虫们都已经被杀掉了。（由于脑虫拥有一定的独立意识而实际上Kerrigan在Zerg种族中也仅仅只能算是高级脑虫，因此脑虫对Kerrigan的指挥并不买账。于是Kerrigan想出借Zeratul之手到消灭其他脑虫，控制Zerg的这个计划。）
虫子已经快要淹没整个Shakuras了，唯一的选择是释放Xel'naga神庙的力量。绝望的Portoss开始施行这个计划，即使知道这样事实上是在继续帮Kerrigan。Artanis和Zeratul带着水晶来到神庙之巅，引导出了神庙的巨大能量，Shakuras的虫子都化作了齑粉。